Josefo distingue la clemencia de los fariseos y la dureza de los saduceos en sus juicios. Presenta dos ejemplos históricos: cuando Eleazar se opuso a Juan Hircano, los fariseos recomendaron solo azotes y cadenas, mientras que Ananus, un saduceo, ejecutó a Santiago, hermano de Jesús, con gran severidad. Los Hechos de los Apóstoles también muestran esta diferencia, con el fariseo Gamaliel abogando por la indulgencia hacia los cristianos frente a la dureza de los saduceos.

El tratado Sanedrín de la Mishná, que aborda los tribunales y delitos, es notablemente indulgente, dificultando la ejecución de penas de muerte con estrictas normas y procedimientos. Aunque estas normas reflejan un ideal judicial más que la realidad histórica, subrayan la inclinación hacia la clemencia en la tradición farisea. Esta indulgencia se mantiene en la Mishná, diferenciándose de la severidad de figuras históricas y sumos sacerdotes que actuaban con menos restricciones.